Análisis topológico de recombinación de lugar específico utilizando el polinomio bracket

Abstract

Knots and Links can occur in the axis of DNA molecules as result of diverse enzyme actions. For site-specific recombination events there is no way to observe details of the process, so molecular biologists resort to indirect methods to better understand how the enzyme changes the topology of the DNA molecule. We develop a formula that can be used to study site-specific recombination indirectly that in addition to give information about the topology of the molecule, gives also information about its geometry. By making some assumptions and using experimental data we show how our formula can be used for either predict products of site-specific recombination events and propose mechanism of actions of some recombinases.

Los nudos y enlaces ocurren en el eje de moléculas de ADN como resultado de diversas acciones enzimáticas. En eventos de recombinación de lugar específico no hay forma de observar los detalles del proceso, por lo que los biólogos moleculares recurren a métodos indirectos para entender mejor la manera en que la enzima cambia la topología del ADN. Hemos desarrollado una fórmula que puede ser utilizada para estudiar estos eventos, indirectamente, que además de proveer información de la topología de la molécula, también provee información de su geometría. Haciendo ciertas suposiciones y utilizando datos experimentales ilustramos cómo utilizar la fórmula tanto para predecir productos de eventos de recombinación de lugar específico como para proponer mecanismos de acción de algunas recombinasas.