Schizas, Nikolaos V.Orozco Juarbe, José J.2025-05-142025-05-142025-05-13https://hdl.handle.net/20.500.11801/7331Zooplankton communities are fundamental to marine food webs and ecosystem functioning, yet their biodiversity in tropical regions like Puerto Rico remains understudied. It is crucial to understand the zooplankton biodiversity given the current risks posed by climate change and anthropogenic pressures. This study provides the first metabarcoding assessment of zooplankton diversity in La Parguera, southwestern Puerto Rico, combining cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) metabarcoding with traditional microscopy to offer a comprehensive overview. Zooplankton samples were collected during autumn and winter (2019–2020), across diel cycles and using three mesh sizes (63 µm, 202 µm, 500 µm). Microscopy results suggested higher abundance of calanoid copepods (e.g. Paracalanus sp. and Acartia spp.), compared to other organisms, consistent with previous studies. In contrast, metabarcoding revealed a more diverse community than the microscopy methods, with high relative abundance of meroplanktonic molluscs (e.g., Caenogastropoda) and arthropod larvae (e.g., Mithrax hispidus), likely due to primer biases and enhanced detection of larval stages. The CO1 dataset enabled the detection of cryptic taxa (e.g., Aglaophenia latecarinata) using a customized bioinformatic pipeline. Statistical analyses, including t-tests and ANOVAs, revealed no significant differences in total zooplankton DNA abundance across diel, seasonal, or mesh-size gradients, suggesting short-term stability. A significant effect of season was observed in a two-way ANOVA model, but this result was likely driven by unbalanced sampling effort rather than ecological differences. This work establishes a critical baseline for zooplankton research in Puerto Rico after two decades of limited study, highlighting the value of integrative approaches to monitor biodiversity shifts in vulnerable tropical ecosystems.Las comunidades de zooplancton son fundamentales para las redes tróficas marinas y el funcionamiento de los ecosistemas, pero la biodiversidad en regiones tropicales como Puerto Rico sigue siendo poco estudiada. Este estudio presenta la primera evaluación de diversidad de zooplancton en La Parguera (suroeste de Puerto Rico) mediante metabarcoding de ADN, combinando el marcador CO1 con microscopía tradicional para ofrecer una visión integral. Las muestras de zooplancton se recolectaron durante otoño e invierno (2019–2020), en ciclos diurnos/nocturnos y con tres tamaños de malla (63 µm, 202 µm, 500 µm). Los resultados de microscopía sugieren una mayor abundancia de copépodos calanoides (ej., Paracalanus y Acartia spp.), en comparación a otros organismos, coincidiendo con estudios históricos. En contraste, el metabarcoding de ADN reveló una comunidad más diversa, con alta abundancia relativa de moluscos (ej., Caenogastropoda) y artrópodos (ej., Mithrax hispidus), probablemente por sesgos de los primers y una mejor detección de etapas larvales. Los datos de CO1 permitieron detectar taxones crípticos (ej., Aglaophenia latecarinata) mediante un pipeline bioinformático personalizado. Las pruebas estadísticas que se llevaron a cabo (t-tests y ANOVAs) demostraron que no hubo diferencias significativas en abundancia de ADN total de zooplankton entre ciclos diurnos/nocturnos, temporada o tamaño de malla, sugiriendo estabilidad comunitaria a corto plazo. Sin embargo, un efecto estadísticamente significativo en temporada se observó, aunque este resultado probablemente se debió a un muestreo desbalanceado más que a diferencias ecológicas. Este trabajo establece una línea base crítica para investigaciones futuras en Puerto Rico tras dos décadas de estudios limitados, resaltando el valor de enfoques integrativos para monitorear cambios en la biodiversidad de ecosistemas tropicales vulnerables.en-USAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/CaribbeanMetabarcodingCytochrome C Oxidase Subunit 1mothurBiodiversityBar codingMarine zooplankton - Geographical distributionBiodiversity conservationThesis(c) 2025 José J. Orozco Juarbe