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RuleĀbased expert system to infer biological pathways in rhodobacter sphaeroides
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Abstract
A better method for functional analysis of the genes is the identification of biological pathways, since these provide information about the expression and regulation of genes. The search of these pathways is a complex task due to the intricate of its relations and data heterogeneity. The identified pathways in Rhodobacter sphaeroides are almost nonexistent, which is necessarily a method to help to this intention. A biological pathway prediction ruleĀbased expert system was developed in JESS, which is capable of inferring reactions using its inherent recursive capacity, between or around specific molecules (either proteins or xenobiotics) connecting individual reactions steps, which are stored in a database for the later validation by human experts. It is used a database called BioPathDB, which contains information on the bacterium R. sphaeroides, which is populated from biological databases existing on the Internet and/or in data published in peerĀreviewed journals.
Un mejor mĆ©todo para el anĆ”lisis funcional de genes es la identificaciĆ³n de rutas biolĆ³gicas, dado que estas proveen informaciĆ³n sobre la expresiĆ³n y regulaciĆ³n de genes. La bĆŗsqueda de estas rutas es una tarea compleja debido a lo intrincado de sus relaciones y la heterogeneidad de la data, la identificaciĆ³n de rutas para R.sphaeroides, es casi inexistente, por lo que se es necesario un mĆ©todo para ayudar a este propĆ³sito. Un sistema experto basado en reglas, para predicciĆ³n de rutas biolĆ³gicas fue desarrollado en JESS, es capaz de inferir reacciones usando su inherente capacidad recursiva, entre o alrededor de molĆ©culas especĆficas (proteĆnas o xenobiĆ³ticos) conectando pasos de reacciones individuales que serĆ”n almacenadas en una base de datos para la validaciĆ³n posterior por expertos humanos. Se usa una base de datos llamada āBioPathDBā, conteniendo datos de la bacteria āRhodobacter sphaeroidesā, que es poblada desde bases de datos biolĆ³gicas que existen en Internet y/o en revistas cientĆficas.
Un mejor mĆ©todo para el anĆ”lisis funcional de genes es la identificaciĆ³n de rutas biolĆ³gicas, dado que estas proveen informaciĆ³n sobre la expresiĆ³n y regulaciĆ³n de genes. La bĆŗsqueda de estas rutas es una tarea compleja debido a lo intrincado de sus relaciones y la heterogeneidad de la data, la identificaciĆ³n de rutas para R.sphaeroides, es casi inexistente, por lo que se es necesario un mĆ©todo para ayudar a este propĆ³sito. Un sistema experto basado en reglas, para predicciĆ³n de rutas biolĆ³gicas fue desarrollado en JESS, es capaz de inferir reacciones usando su inherente capacidad recursiva, entre o alrededor de molĆ©culas especĆficas (proteĆnas o xenobiĆ³ticos) conectando pasos de reacciones individuales que serĆ”n almacenadas en una base de datos para la validaciĆ³n posterior por expertos humanos. Se usa una base de datos llamada āBioPathDBā, conteniendo datos de la bacteria āRhodobacter sphaeroidesā, que es poblada desde bases de datos biolĆ³gicas que existen en Internet y/o en revistas cientĆficas.
Description
Date
2005